細菌威脅遠比餘氯為大

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科學家在評估氯的利弊得失時，常進退維谷。他們根本不知道如果不使用氯，會有多少嚴重的感染比例。專家強調說，絕不可因此而禁用氯：<飲水中細菌汙染對身體的威脅，遠較癌症的威脅大。>科學家不敢斷然宣佈餘氯是否會致癌，是因為擔心民眾一味反對，為公共衛生徒增變數。
儘管研究發現顯示，水中餘氯的致癌率並不高，但是以美國而言，每年約有六千五百個直腸癌病例及四千兩百個膀胱癌病例與此有關。美國每約有四萬七千個直腸癌病例，及四萬四千個膀胱癌病例。
一九七四年報告指出，氯與飲水中的有機質結合後，可還產生氯仿及其他危險的副產品。多名學者曾針對此做深入研究，但是他們研究結果矛盾叢生。
密爾瓦基的威斯康辛醫院研究小組是莫里斯博士領軍的。早期的研究報告都指出，美國的餘氯量過低，無法防止多種腸胃疾病。莫里斯博士所引用的數據都是在一九七0年代的研究成果，由於美國在一九七九年起從嚴管制餘氯標準，因此有關上述兩種癌症的風險應會降低。
專家們警告說，如果美國放寬餘氯限制，部分地區可能會傳出霍亂等傳染性疾病。南美部分地區近來就因禁用氯，或是減少餘氯，而傳出傳染性疾病消息。