很多人主張以臭氧取代

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臭氧：臭氧和氯一樣，都是一種強氧化劑，很多學者主張用來代替氯，作為自來水的消毒主體，但因為臭氧沒有辦法買成品來加入，必須利用電氣角膜放電，或以紫外線照射乾空氣和氧氣才能產生帶3個氧(O3)的臭氧，成本比氯高很多，因此，一直未能採用。目前高雄市自來水廠有裝設
臭氧不穩定，且活性極大，只要很短的時間就可殺死微生物，它以<細胞酵素溶解>的方法，破壞微生物的細胞膜，予以溶解;此時部份臭氧與微生物釋出的有機物結合，另一小部份則將微生物殺滅。臭氧雖然像氯一樣會與有機物產生反應，但不致滋生有毒的三鹵甲烷，這是其最大優點之一。
臭氧能殺死多數濾過性病毒和細菌，對於水中常見的大腸菌，只要很少量的臭氧即可解決;但它也和氯一樣，經過處理後的水有些獨特的氣味，若水溫超過30度則臭氧的處理效率會稍微變弱。